ในทางเศรษฐศาสตร์ ให้ความหมายของคำว่าต้นทุน ต่างจากทางบัญชี

ในทางบัญชี ต้นทุนก็คือเงินที่จ่ายไป เพื่อจัดหาปัจจัยการผลิตต่างๆ เช่น ต้นทุนการซื้อวัตถุดิบในการผลิตสินค้า

ต้นทุนทางบัญชี คือสิ่งที่คนทั่วๆไปเข้าใจกัน

ในทางเศรษฐศาสตร์ ต้นทุนคือ "ค่าเสียโอกาสของปัจจัยการผลิต"

ยกตัวอย่างเช่น

เงินค่าจ้างที่จ่ายให้แก่พนักงาน ก็คือค่าเสียโอกาสของพนักงาน ที่จะไปเที่ยวเล่นสนุกสนาน พักผ่อนตามใจเขา

การทำฟาร์มเลี้ยงกุ้งกุลาดำในอดีต มีการใช้ป่าชายเลนเป็นปัจจัยการผลิต ป่าชายเลนในประเทศไทยเสียหายไปมากเพราะธุรกิจการเลี้ยงกุ้งกุลาดำ นับว่า ป่าชายเลนเองนั้นเสียโอกาสที่จะเป็นแหล่งนิเวศน์วิทยาไปมาก

หากมองที่ตัวเงินเฉยๆ จะเห็นได้ว่าธุรกิจบางอย่างที่ประเทศไทย (เช่น ธุรกิจด้านการเกษตร) มีต้นทุนการผลิตที่ต่ำกว่าประเทศอื่นๆมาก แต่หากมองถึงต้นทุนที่ไม่ใช่เงินด้วยละก็ ประเทศไทยกำลังขาดทุนอยู่ ในแง่ของทรัพยากรที่จ่ายไปกับการผลิตสินค้ากับสิ่งที่ได้กลับคืนมา

ดังนั้น เจ้าของธุรกิจก็ควรจะหาทางลดต้นทุนที่ไม่ใช่เงินด้วย เพื่อให้เกิดกำไรที่แท้จริงแก่ธุรกิจของพวกเขาเอง และเพื่อความยั่งยืนของโลกนี้ด้วย